1999年12月，根据中编办《关于成立民政部民间组织服务中心的批复》（中编办字〔1999〕125号），民政部民间组织服务中心正式成立，事业编制30名，经费自理。2002年3月按照中编办《关于民政部民间组织服务中心机构编制的批复》（中央编办复字〔2002〕54号），民政部民间组织服务中心改为全额预算拨款事业单位。2009年2月人社部、国家公务员局又下发了《关于批准民政部民间组织服务中心参照公务员法管理的函》（人社部函〔2009〕40号），批准民政部民间组织服务中心参照《公务员法》管理。2017年6月根据中编办《关于民政部民间组织服务中心更名等机构编制调整的批复》（中央编办复字〔2017〕176号），民政部民间组织服务中心更名为民政部社会组织服务中心（以下简称中心）。中心的宗旨是通过社会组织管理与服务，促进社会组织健康发展。中心有6个处室，主要职责是：承担民政部登记的社会组织登记管理的相关服务性工作；负责社会组织登记证书标准管理及制发、印章制发及备案、财务审计工作；研究提出社会组织评估计划、政策和标准的建议，组织开展民政部登记的社会组织评估和等级管理工作，参与指导地方社会组织评估工作；开展社会组织人才交流、服务和能力建设工作，承担全国性社会组织从业人员培训；开展社会组织管理和培育发展有关的国际合作与交流；指导督促部管社会组织深入落实意识形态工作责任制和网络意识形态工作责任制要求，按照有关规定，对部管社会组织负责人人选提出政治等方面的审查意见；承担部管社会组织党组织建设、党员队伍建设、思想政治工作、群众工作，承担对部管社会组织党组织及党员的监督、执纪、问责工作，承担对部管社会组织党组织的巡察工作；承办民政部交办的其他工作。